الحفاظ على الجسم من دخول غزاة غرباء, مثل الجيش المسؤول عن محاربة الغزاة، المتسللين الخارجيين او جيوش الاعداء. وفي حالة جسم الانسان  هنالك، من جهة، متسللون او غزاة خارجيون، قد يكون هؤلاء: فيروسات, جراثيم او طفيليات. من ناحية اخرى، قد يكون العدو من الداخل، ايضا. هذا العدو يمكن ان يصحو في الجسم بين الحين والاخر كانه طابور خامس (كانهم جواسيس يعيشون في داخل جسم الانسان) وليس كاعداء مقتحمين من الخارج. وظيفة جهاز المناعة هي التغلب، ايضا، على امراض داخلية مختلفة، كنشوء خلية سرطانية، مثلا. الخلية السرطانية هي خلية مميزة، فهي خلية متغيرة ويعرفها الجهاز المناعي باعتبارها خلية غريبة، جسما غريبا, غازيا. ولذلك، تكون مهمة جهاز المناعة القضاء على مثل هذه الخلية. ان فشل الجهاز المناعي في القضاء على هذا العدو وهو ما يزال في بدايته تشكل دليلا على ان هذا الجهاز ليس فعالا وناجعا بشكل تام ومطلق. (ترتكز العديد من علاجات الامراض السرطانية، اليوم، على تقوية وتعزيز جهاز المناعة في التخلص من الخلايا السرطانية). 
على ذلك, فان مهمة جهاز المناعة هي القضاء على الغزاة الخارجيين. ولكي يقوم الجهاز المناعي بتنفيذ هذه المهمة الحيوية، فان عليه ان يحدد ويميز بين الاغراب وبين جنوده وقواته هو. المفردات المستعملة في هذه الحالة هي ذاتي (Self) وغير ذاتي (Non - self). وينبغي ان يكون الجهاز المناعي مجهزا بالقدرة على التمييز بين الغزاة الخارجيين وبين ما يتواجد في داخل الجسم، عادة وبشكل طبيعي.
يتمثل اساس امراض المناعة الذاتية في فشل قدرة الجهاز المناعي على التمييز بين العدو الخارجي وبين ما هو موجود في داخل الجسم بشكل طبيعي. ونتيجة لذلك، يهاجم جهاز المناعة انسجة الجسم ذاته. وقد يهاجم خلية منفردة او جهازا، او حتى عضوا بكامله. انه فشل الجيش في الدفاع عن الجسم وحمايته من الغزاة الخارجيين، بل اكثر من هذا فهو فشل الجيش في التعرف على اعضائه / قواته وتحديدها. هذا المصطلح متداول في اللغة العسكرية، ايضا، ويدعى "اطلاق النار على قواتنا".
يتكون جهاز المناعة من ذراع مضادات وذراع خلوية, تظهر المضادات التي يشبه شكلها شكل الحرف Y - وهي تتركز على الغزاة الاغراب وتنقض عليها بفتحة الحرف Y. اما الذراع الخلوية، في المقابل، فتتكون من خلايا لمفاوية (Lymphocytes) - خلايا الجهاز المناعي - التي تهاجم الغزاة بنفسها. 
تنجم امراض المناعة الذاتية عن فشل جهاز المناعة، الذي بدلا من ان يهاجم الغزاة الاغراب، تقوم مضاداته المناعية، او اللمفاوية، بمهاجمة الانسجة الداخلية في الجسم.
هنالك ما يربو على 80 مرضا من امراض المناعة الذاتية المعروفة، بينما هنالك عدد كبير اخر من الامراض الاخرى التي يشتبه بان لها خلفية مناعية ذاتية. من بين هذه الامراض: مرض الذئبة الحمامية المجموعية (SLE - Systemic lupus erythematosus)، التهاب المفاصل الروماتويدي (Rheumatoid Arthritis), سكري الاطفال (Diabetes mellitus type - 1), مرض التصلب المتعدد (Multiple Sclerosis). في جزء من هذه الامراض يحدث الضرر والهجوم الذاتي بواسطة المضادات الذاتية (Autoantibodies) وفي اخرى بواسطة الخلايا (Cell - Mediated Autoimmune). معظم امراض المناعة الذاتية هي اكثر انتشارا بين النساء منه بين الرجال, بنسبة 2:1 وحتى 10:1. ويعود سبب ذلك الى كون الجهاز المناعي لدى النساء اقوى منه لدى الرجال، ولذلك، فعندما يصاب هذا الجهاز الاقوى بالخلل ويقوم بمهاجمة انسجة الجسم، فان الضرر يكون اكثر فداحة. وعليه، فان للحمل، ايضا، تاثيرا كبيرا على مسار المرض، وللمرض نفسه تاثيرا كبيرا على مسار الحمل.
أسباب وعوامل خطر امراض المناعة الذاتية
 تنجم امراض المناعة الذاتية عن تداخل عدة عوامل واجتماعها، سوية، لدى الانسان المريض. من هذه العوامل: الميل الوراثي, ضعف/ خلل معين في الجهاز المناعي, منظومة هرمونية، وخاصة الهرمونات الجنسية لدى النساء، واخيرا العوامل البيئية. هذه الاخيرة تشمل: الادوية, المواد الكيماوية, الفيروسات, الجراثيم, التغذية والتوتر النفسي. هذه العوامل البيئية هي التي تحدد سبب ظهور المرض في اليوم المعين ولدى الشخص المعين. 
تميل امراض المناعة الذاتية الى الظهور لدى عائلات معينة, اذ ثمة حالات كثيرة يمكن فيها ملاحظة ظهور امراض مناعة ذاتية مختلفة لدى ابناء عائلة.
أسئلة وأجوبة
التطعيم ضد الانفلونزا لمن يعانون من امراض المناعة الذاتية
تاثير دواء التروكسين على الغدة الدرقية
هل هنالك علاقة بين الداء الزلاقي وبين كثرة اليوزينيات؟
ما هو انزلاق القرص الرقبي (انزلاق الديسك) ؟
كيف يتم تشخيص انزلاق القرص (الديسك) ؟ | ويب طب
علاج امراض المناعة الذاتية
يتنوع علاج امراض المناعة الذاتية ويختلف، اذ تتم ملائمته لنوع المرض ولكل مريض على حدة. ومع ذلك، وفي معظم هذه الامراض، هنالك ميل عام نحو تفضيل المعالجة بمضادات الالتهاب، بالستيرويدات، بالادوية الكابتة للجهاز المناعي، وكذلك بعلاجات اكثر تركيبا تشمل تنقية الدم. هنالك علاجات مركبة اخرى من بينها فصادة البلازما (Plasmapheresis), تسريب (Infusion) مضادات من اشخاص اخرين الى داخل الوريد (VIG - Intravenous immunoglobulin) وكذلك المعالجة بالمضادات احادية النسيلة (Monoclonol antibody) الموجهة ضد مكونات الالتهاب (معالجة حيوية / بيولوجية).
معالجة امراض المناعة الذاتية تتم بواسطة اشراف اطباء على الاجهزة المختلفة التي طالها الضرر واصابها من جراء المرض، لكن معظم هذه العلاجات تظل ضمن مجال تخصص اطباء الجهاز المناعي (Clinical Immunology) او اطباء الامراض المفصلية والروماتيزم (Rheumatology).