المغناطيسي بعض العيوب؛ فهو يستغرق وقتًا أطول لإنتاج صور التصوير بالرنين المغناطيسي من التصوير المقطعي المُحوسَب (CT). وبسبب حركة القلب، تكون الصورُ التي يجري الحصولُ عليها باستخدام التصوير بالرنين المغناطيسي هي أكثر ضبابيَّة أو أقلّ وضوحًا من تلك التي نحصل عليها باستخدام التصوير المقطعي المحوسَب. ولكنَّ التصويرَ بالرنين المغناطيسي بصوره الحديثة، والذي يجري توقيتُه لمطابقة أجزاء معيَّنة من مخطَّط كهربيَّة القلب (يُسمَّى التَّصوير بالرنين المغناطيسي المبوَّب gated MRI) يكون أكثرَ وضوحًا بكثير من التصوير بالرنين المغناطيسي التَّقليدي. لا يمكن استخدامُ التصوير بالرنين المغناطيسي عندما يكون لدى المرضى أنواع معيَّنة من الأجسام المعدنيَّة المزروعة، مثل أجهزة تنظيم ضربات القلب (النَّواظِم) أو زرعات القوقعة الصناعية أو مضخَّات الأدوية المزروعة أو المحفِّزات العصبية أو مَشابِك في الدماغ تُستخدم لعلاج أُمَّهات الدَّم أو شَظايا.

تصوير الأوعية بالرنين المغناطيسي (MRA) هو نوعٌ من التصوير بالرنين المغناطيسي يركِّز على الأوعية الدموية بدلاً من الأعضاء. ينتِج تصويرُ الأوعية بالرنين المغناطيسي صورًا للأوعية الدموية وتدفق الدَّم مماثلة في الجودة لتلك التي ينتجها تصويرُ الأوعية التقليدي، ولكنه هو ليس إجراءً جراحيًّا. ويمكن استخدامُ تصوير الأوعية بالرنين المغناطيسي لكشف التبارزات (أُمَّهات الدَّم) في الشريان الأبهري، وتضيُّق الشرايين التي تزود الكلى بالدم (التضيق الكلوي)، وتضيُّق أو انسداد الشرايين التي تزود القلب بالدَّم (دَاء الشِّريَان التاجي) أو الذراعين والساقين (داء الشَّرايين المحيطية). تتطلَّب بعضُ تقنيات تصوير الأوعية بالرنين المغناطيسي حقن عامل تباين في وريد في الذراع. ولكن، يجب على الأشخاص المصابين بمشاكل في الكلى أن لا يتلقوّا عامل التباين (المادَّة الظليلة) الذي يُعطَى في التصوير المقطعي للقلب، وذلك بسبب احتمال الآثار الجانبية الخطيرة التي تصيب الجلد والمفاصل والعينين والأعضاء الداخلية (التليُّف الجهازي الكلوي المنشأ nephrogenic systemic fibrosis).