يمكن للكثير منها إلحاق الضرر بالجنين.ينجم ما نسبته أقل من 2 - 3٪ من العيوب الخِلقيَّة عن استعمال الأدوية لعلاج اضطرابٍ أو عَرض.
يكون استعمالُ الأدوية ضروريًّا لصحّة الحامل والجنين في بعض الأحيان.وفي هذه الحالات، يجب على المرأة التحدّث إلى طبيبها أو مع مُقدِّم رعايةٍ صحيَّة آخر عن مخاطر استعمال الدواء ومنافعه.يجب على المرأة الحامل وقبل استعمال أيِّ دواء (بما فيها الأدوية غير الموصوفة) أو مكمّل غذائي (بما فيها الأعشاب الطبية)، أن تستشيرَ مُقدِّم الرعاية الصحية.قد يوصي مُقدِّم الرعاية الصحية بأن تستعملَ المرأة بعض الفيتامينات والمعادن خلال الحمل.
تصل الأدوية التي تستعملها المرأة الحامل إلى الجنين من خلال عبور المشيمة بشكلٍ رئيسي، وهو الطريق نفسه الذي يمرُّ من خلاله الأكسجين والمواد المغذية اللازمة لنمو الجنين وتخلّقه.ولكن، حتى الأدوية التي لا تعبر المشيمة قد تلحق الضرر بالجنين من خلال التأثير في الرحم أو المشيمة.
يمكن أن تؤثر الأدوية التي تستعملها المرأة الحامل خلال الحمل في الجنين بعدة طرائق:
    يمكنها التأثير مباشرة في الجنين، ممَّا يؤدي إلى إلحاق الضرر بالجنين أو إلى تخلّقه بشكل غير طبيعي (ممّا يؤدي إلى عيوب خِلقية) أو إلى وفاته.
    يمكنها إحداثُ تغييرٍ في وظيفة المشيمة عادةً من خلال التَّسبُّب في تضيُّق الأوعية الدَّموية، ومن ثَمّ خفض إمدادات الأُكسِجين والمواد المغذية إلى الجنين من الأم.وتكون النتيجة أحيَانًا طفلًا ناقص الوزن ومتخلِّف.
    يمكن أن تتسبَّبَ في تقلص عضلات الرحم بقوة، ممَّا يؤدي إلى إصابة الجنين بطريقة غير مباشرة من خلال خفض إمدادات الدَّم أو تحريض المخاض وحدوث الولادة قبلَ أوانها.
    كما يمكنها التأثير في الجنين بشكلٍ غير مباشر؛فعلى سبيل المثال، قد تحدُّ الأدوية التي تُخفِّضُ ضغط الدَّم عند الأم من جريان الدَّم إلى المشيمة، وبذلك تُخفِّض إمدادات الأكسجين والمواد المغذية إلى الجنين.