دم أو بول أو براز أو خلايا أو غيرها ليتم إجراء الفحوصات عليها، وهذه أهم طرق تشخيص البكتيريا:
1. الكشف عن البكتيريا
في البداية يتم الكشف عن البكتيريا بأحد الطرق الآتية:
    الفحص المباشر باستخدام المجهر
يكشف الفحص المباشر للعينات تحت المجهر عن البكتيريا المسبّبة للمرض، إذ تتم معالجة معظم العينات بالصبغات وهي مواد خاصة تقوم بتلوين الكائنات الحية الدقيقة مثل البكتيريا وتجعلها واضحة وبارزة، إذا أن لكل بكتيريا حجم وشكل ولون مميز يمكّن المختصون من التعرف إليها عند رؤيتها.
وفيما يخص أنواع الصبغات المستخدمة وأشهرها صبغة غرام وهي صبغة بنفسجية اللون وتستخدم كخطوة أولية وتصنّف البكتيريا على النحو الآتي:
    إيجابية الغرام: وتبدو زرقاء لأنها تحتفظ بصبغة الغرام البنفسجية.
    سالبة الغرام: وتبدو حمراء لأنها لا تحتفظ بالصبغة.
وهذا التصنيف يعطي فكرة عامة للأطباء حول مجموعة العلاجات التي يمكن استخدامها.
    زراعة العينة
في بعض الأحيان تحتوي العينة على عدد قليل جدًا من البكتيريا بحيث لا يمكن رؤيتها باستخدام المجهر، لذا تتم زراعتها في المختبر وذلك لزيادة عدد البكتيريا حتى يتم التعرف عليها.
توضع العينة إما في طبق معقم أو في أنبوب اختبار ويحتوي كلًّا منهما على عناصر غذائية ضرورية لنمو البكتيريا المرغوب تكاثرها ومواد أخرى لوقف نمو البكتيريا غير المرغوب بها.
    الاختبارات المناعية التي تكشف عن الأجسام المضادة (Antibodies) أو مستضدات الكائنات الحية الدقيقة (Antigens of Microorganisms)
هناك بعض أنواع البكتيريا التي لا يمكن رؤيتها بالمجهر أو زراعتها، لذا يستخدم الأطباء هذه الاختبارات، التي تكشف عن واحد مما يأتي:
    الأجسام المضادة: وهي التي ينتجها الجهاز المناعي للشخص كردة فعل استجابية للبكتيريا.
    مستضدات الكائن الدقيق: وهي أجزاء البكتيريا التي تسبّب استجابة مناعية في الجسم.
    الاختبارات التي تكشف عن المواد الجينية في البكتيريا
تقوم هذه الاختبارات بالكشف عن المادة الجينية في البكتيريا، وهي نوعان:
    اختبارات الحمض النووي للبكتيريا: وهي طريقة تتعرف على أجزاء وراثية مميزة للبكتيريا ويمكن أن تستخدم تقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل لإنتاج عدد من نسخ جينات البكتيريا، مما يجعل التعرّف عليها أسهل.
    اختبارات أخرى: حيث يتم التعرف على المواد التي يمكن أن تنمو فيها البكتيريا بشكل جيد أو الإنزيمات التي تفرزها البكتيريا أو مواد أخرى مثل البروتينات والأحماض الدهنية المميّزة للبكتيريا.
2. اختبار حساسية البكتيريا للمضادات الحيوية
بعد تحديد نوع البكتيريا يجب معرفة ما إذا كانت ستستجيب بشكل جيد للأدوية، وعلى الرغم من أن الطبيب يعلم بشكل عام الأدوية المناسبة لكل نوع، لكن البكتيريا تطور نفسها باستمرار لمقاومة الأدوية التي كانت فعالة ضدها سابقًا.
ويتم إجراء اختبار الحساسية عن طريق وضع أنواع مختلفة من الأدوية لتحديد مدى فعاليتها واختيار الدواء المناسب.
الفرق بين طرق تشخيص البكتيريا
إليك جدول يوضح أهم الفروقات بين طرق تشخيص البكتيريا المختلفة:
طريقة التشخيص
الإيجابيات
السلبيات
الفحص المباشر باستخدام المجهر
الطريقة الأسرع للكشف عن نوع البكتيريا وتصلح لمعظم أنواع البكتيريا
بعض أنواع البكتيريا، مثل البكتيريا المسببة لمرض الزهري لا يمكن زراعتها على الإطلاق، وهناك أنواع بكتيريا أخرى، مثل بكتيريا مرض السل تستغرق أسابيع لتنمو
يُشترط وجود عدد كافٍ من البكتيريا وأن يكون حجمها كبيرًا بما يكفي لتتم رؤيتها بالمجهر، ومع ذلك فالعديد من أنواع البكتيريا تبدو متشابهة ولا يمكن تمييزها بالمجهر
الزراعة
طريقة عالية الدقة لتشخيص البكتيريا
تحتاج وقتًا، حيث تنمو معظم أنواع البكتيريا في غضون يوم إلى يومين، وتستغرق أنواعًا أخرى خمسة أيام أو أكثر، وهناك أنواع تحتاج 6-8 أسابيع لتنمو
الاختبارات المناعية
الأجسام المضادة والمستضدّات تستطيع تحديد نوع البكتيريا، لذا فهي عالية الدقة للكشف عن نوع البكتيريا
يحتاج الجسم وقتًا يصل إلى أسابيع لإنتاج الأجسام المضادة، وتبقى في الجسم مدة طويلة حتى بعد زوال البكتيريا، لذا وجودها لا يعني بالضرورة أن الشخص ما زال مصابًا
الاختبارات التي تكشف عن المواد الجينية في البكتيريا
طريقة مناسبة عند صعوبة إجراء الزراعة للبكتيريا، وكذلك فهي دقيقة إذ أن الجينات مميّزة لكل بكتيريا
لا تكشف بالضرورة عن الجينات المسؤولة عن المقاومة ضد الأدوية، ولا تصلح لجميع أنواع البكتيريا، كذلك فهي باهظة الثمن ولا تتوفّر في جميع المختبرات
لماذا من المهم معرفة نوع البكتيريا؟
تسبب البكتيريا أنواعًا مختلفة من الأمراض المعدية، لذا من المهم معرفة نوع البكتيريا المسببة للمرض حتى يتم إعطاء العلاج المناسب، وذلك عن طريق اللجوء لطرق تشخيص البكتيريا المختلفة.
ويجب أن تكون هذه الطرق سريعة ودقيقة وذات إجراءات بسيطة وبتكلفة معقولة، حيث أن سرعة التشخيص تلعب دورًا مهمًا في اختيار المضادات الحيوية المناسبة وبالتالي شفاء المريض.